ولما استولى إبراهيم بن محمد علي باشا إلى مصر مع من نقل من آل الشيخ وبقي بمصر إلى أنه توفي بها حوالي 1245 هـ.
وبعدها استمر الشيخ عبد الرحمن في الدفاع وحصلت بين أل الدعوة السلفلية والدولة العثمانية حروب، حتى استولى إبراهيم بن محمد علي باشا على الدرعية، فنقله إلى مصر، وبقي ثمان سنوات بمصر، واستمر مهنته الدينية فيها.