وأما تسميتها بأسطوانة المهاجرين، فلأن أكابر الصحابة من المهاجرين، كانوا يجتمعون عندها، واعتادوا الجلوس حولها، وتحروا الصلاة إلى جوارها.
وجعل للمسجد 3 أبواب: باب الرحمة ويُقال له باب عاتكة في جهة الغرب ، وباب عثمان ويُسمى الآن باب جبريل الذي كان يدخل منه النبي في جهة الشرق ، وباب في الخلف في جهة الجنوب ، وجعل المسجد ، ولما تحوّلت القبلة في السنة ، سُدّ الباب الذي كان في الخلف وفُتح باب في مواجهته في الجهة الشمالية.
وهي موضع في المسجد النبوي واقع بين المنبر وحجرة النبي ، ومن فضلها عند المسلمين ما رواه في صحيحه عن : «أن النبي صلى الله عليه وسلّم قال: ما بين بيتي ومنبري روضة من رياض الجنة ومنبري على حوضي».
أما المآذن، قد كانت للمسجد 5 مآذن هُدمت منها 3 مآذن هي التي كانت عند باب الرحمة والمئذنة السليمانية والمجيدية في الجهة الشمالية، وبُنيت مئذنتان في الركن الشرقي والغربي من الجهة الشمالية، وارتفاع كل منها 72 متراً، فأصبح للمسجد 4 مآذن في أركانه الأربعة.